R package · CRAN 0.1.3

Da resposta de cada biomarcador à visão do sistema inteiro.

Calcule os índices IBR e IBRv2, padronize seus biomarcadores e transforme resultados multivariados em gráficos-radar claros e reprodutíveis.

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Código aberto · GPL-3 · R ≥ 3.5.0

Visão geral

Dos dados estruturados ao cálculo e à visualização.

O IBRtools recebe dados multibiomarcadores previamente estruturados, padroniza as respostas, calcula os índices integrados e comunica os resultados visualmente.

01

Organize

Estruture tratamentos ou áreas nas linhas e biomarcadores nas colunas.

02

Integre

Padronize as respostas e calcule IBR ou IBRv2 de forma reprodutível.

03

Visualize

Compare os perfis integrados em gráficos-radar prontos para explorar.

IBRBeliaeff & Burgeot, 2002 · revisado por Devin et al., 2014
IBRv2Sanchez et al., 2013
Radar chartVisualização comparativa
Open sourceLicença GPL-3

Instalação

Pronto para usar em duas linhas.

Instale a versão estável pelo CRAN ou acesse a versão de desenvolvimento diretamente pelo GitHub.

R≥ 3.5.0
Versão0.1.3
CompilaçãoNão
# Instalar a versão estável do CRAN
install.packages("IBRtools")

# Carregar o pacote
library(IBRtools)
› Package ‘IBRtools’ successfully loaded

Documentação básica

Seis funções. Dois caminhos de análise.

Escolha o índice apropriado para seu desenho e siga da padronização ao gráfico-radar.

I

IBR revisitado

Integrated Biomarker Response

IBR
ibr_std(df, z)

Padroniza as respostas. z define os coeficientes; se omitido, o valor padrão é 1.

data.frame
ibr_index(df)

Calcula o índice total e resume média e desvio-padrão por grupo.

list
ibr_chart(df, ...)

Gera o gráfico-radar a partir dos valores padronizados.

plot

Atenção: esta implementação segue a revisão de Devin et al. (2014). Use de 3 a 9 biomarcadores e pelo menos três valores não ausentes por biomarcador.

II

Desvio da referência

Integrated Biological Responses v2

IBRv2
ibrv2_bdi(df)

Calcula valores padronizados em relação ao tratamento de referência.

data.frame
ibrv2_index(df)

Obtém o IBRv2 de cada área ou tratamento comparado à referência.

data.frame
ibrv2_chart(df, ...)

Visualiza cada comparação com a referência em um gráfico-radar.

plot

Atenção: use de 3 a 15 biomarcadores. A referência deve ser a primeira linha de cada subconjunto; com mais de uma variável independente, divida os dados antes da análise. Os segmentos e eixos do gráfico podem exigir ajuste manual.

Dados incluídos

Experimente antes de usar seus próprios dados.

enzactIBR · 28 observações enzact_coefCoeficientes Z enzact2IBRv2 · 38 observações

Exemplos em R

Do exemplo ao resultado.

IBR_workflow.R 
# Carregar o pacote e os dados de exemplo
library(IBRtools)
data("enzact")
data("enzact_coef")

# Padronizar as respostas dos biomarcadores
enzact_std <- ibr_std(enzact, enzact_coef)

# Calcular o índice IBR
ibr_result <- ibr_index(enzact_std)
ibr_result$IBR_total

# Criar o gráfico-radar
ibr_chart(enzact_std)
OUTPUTRadar profile
Tratamento A Tratamento B
Retorno IBR_total + IBR_mean_sd

Publicação e citação

Usou o IBRtools? Cite o trabalho.

A publicação descreve os algoritmos de IBR e IBRv2, o funcionamento do pacote e um fluxo completo com dados de exemplo.

Ecology and Evolution · 2024

IBRtools: An R package for calculating integrated biomarker indexes

Anna Carolina Resende & Diego Mauro Carneiro Pereira

Volume 14 e10864 Open Access
Acessar artigo
BibTeX 
@article{resende2024ibrtools,
  title   = {IBRtools: An R package for
             calculating integrated biomarker indexes},
  author  = {Resende, Anna Carolina and
             Pereira, Diego Mauro Carneiro},
  journal = {Ecology and Evolution},
  year    = {2024},
  volume  = {14},
  pages   = {e10864},
  doi     = {10.1002/ece3.10864}
}
Para citar o pacote no R (a referência do artigo está acima): citation("IBRtools")

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